L’ambiente espositivo si sviluppa su cinque piani, compreso il piano terra. Il “granaio” è solo l’edificio principale di un più vasto complesso museale che comprende anche l’esterna chiesa di San Biagio e l’attiguo Padiglione delle navi, situato nell’antica Officina dei remi dell’Arsenale. Nelle due sale che fiancheggiano l’ingresso del Museo si vede, a destra, il monumento funebre a Angelo Emo, ultimo “Capitano da mar” della Marina Veneziana. Al piano terreno un imponente fanale di poppa di galea veneziana del XVI secolo, detto “fanò”, e degli abbastanza consueti pezzi di artiglieria da nave e da fortezza. Il primo piano è quasi interamente dedicato all’aurea storia marinara della Serenissima Repubblica. Si possono ammirare alcuni modelli di grande valore storico. Le sale del secondo piano sono essenzialmente dedicate alla Marina Militare Italiana: modelli, dipinti e cimeli ne illustrano il percorso storico. Al terzo piano ci si imbatte nei piaceri dell’inconsueto: è un’area espositiva scoppiettante di sorprese. E infine l’ultimo piano, il quarto, con la cosiddetta Sala Svedese che testimonia i buoni rapporti tra la Svezia e l’Italia e ancor più quelli tra le Marine dei due Paesi. In fine, del tutto inattesa, una preziosa collezione di conchiglie donata dalla stilista Roberta di Camerino.